| Bijkomende info |  | - aan- of afwezigheid van PUNTMUTATIES, KLEINE INSERTIES-DELETIES, AMPLIFICATIES in een panel van 523 kankergenen
- aan- of afwezigheid van TRANSLOCATIES/GENFUSIES in panel van 55 kankergenen
- Microsatelliet instabiliteit (MSI) - cut-off voor MSI-high: vanaf 20% en hoger
- Tumor Mutational Burden (TMB) - cut-off voor TMB-high: 10 ns Mutaties/Mb
- Homologe Recombinatie Deficientie (HRD) - cut-off voor HRD pos: vanaf GIS score 42 en hoger en/of pathogene variant (SNV, indel, CNV) in de BRCA1 of BRCA2 genen
Het panel wordt standaard toegepast voor alle vaste tumortypes uitgezonderd voor colorectaal carcinoom, maligne melanoom (cutaan), gliomen, sarcomen en maag-slokdarm carcinomen. Voor deze tumortypes wordt het NGS panel met 64 genen uitgevoerd (zie 'Moleculaire profilering van vaste tumor met NGS - 64 genen').
Al de gekende hotspot regio's met therapeutisch belang ('actionable'), in diverse tumortypes, zijn geïncludeerd in de analyse.
Bvb. voor longcarcinoom: EGFR, ALK, ROS1, KRAS, BRAF, HER2, MET, RET, NTRK1/2/3, ...; voor ovariumcarcinoom, prostaatcarcinoom en pancreas: BRCA1/2 en talrijke andere homologe recombinatie - 'DNA damage repair' (HR-DDR) genen zoals BRIP1, RAD50/51/51B/51C/51D, ATM, CHEK1/2, ...
Voor de panelsamenstelling (lijst met alle geanalyseerde genen) zie PDF als bijlage.
|
| Wetenschappelijke betekenis | | Deze uitgebreide NGS toepassing beoogt:
(1) de mutatie-analyse van nagenoeg alle gekende kanker driver genen die dus een preciese moleculaire karakterisering van de tumor toelaat.
(2) de bepaling van de 'tumor mutational burden' (TMB). Een hoge TMB (cut-off 10 ns Mutaties/Mb) kan geassocieerd zijn met een goede respons op immunotherapie.
(3) de bepaling van 'microsatelliet instabiliteit' (MSI).Een MSI-high status is eveneens geassocieerd aan goede respons op immunotherapie en zou daarnaast kunnen wijzen op Lynch syndroom.
(4) de bepaling van de HRD status in hooggradig sereus ovariumcarcinoom (HGSOC). Indien 'positief' komt deze patiënt in aanmerking voor een behandeling met PARP inhibitoren.
(5) analyse van klinisch significante genen voor diverse vaste tumortypes, waarbij de gedetecteerde varianten direct gelinkt zijn aan gevoeligheid of resistentie aan goedgekeurde 'targeted' therapieën
(6) de mutatie-analyse van een ruime bijkomende set van genen die eveneens recurrent gemuteerd kunnen zijn in de diverse vaste tumoren en waarbij de gedetecteerde varianten 'potentiële' klinische significantie hebben. De varianten kunnen hetzij in trial-verband, hetzij in de toekomst van belang zijn voor therapiekeuze.
(7) Daarenboven kunnen de resultaten veelal van prognostische betekenis zijn in diverse tumortypes.
(8) Het voorkomen van specifieke mutaties kan soms een aanknopingspunt betekenen naar subtypering van histologisch moeilijk te indentificeren tumortypes of naar de origine van CUP.
De bespreking van de klinische relevantie in het rapport moet steeds geïnterpreteerd worden in de klinische context en de behandelende arts dient steeds samen met deze resultaten, al de andere pertinente informatie in beschouwing te nemen alvorens een behandelplan voor te stellen aan de patiënt. Geselecteerde gevallen dienen besproken te worden in de MOC.
|